> Что мешает производителю софта создать свою репу или продавать бинарник в пакете
> или со скриптом?

По сути ничего, просто лень, неосведомлённость и вера в ужасный зоопарк дистрибутивов и прочую ересь, дабы оправдать своё нежелание пакетировать.

> Что принципиально изменит флат или снап?

Принципиально для кого?

- Для пользователя это уберёт гемор с работой неродных версий в короткой перспективе, но добавит гемор с секурностью и раздутием потребления ресурсов системы.
- Для разработчиков дистров это в потенциале снимет часть, а в идеале полностью, нагрузки на необходимость держать толпу мейнтейнеров и самостоятельно собирать все шишки за софт, в возникновении которых они возможно не виноваты.
- Для разработчиков софта это добавит необходимость паковать в ещё один или хотя бы только в этот формат, если они хотят распространять свой софт на линуксах, если ещё не паковали до этого. И отмазаться про зоопарк линуксов уже как бы не получится.

В итоге обратная сторона плюсов обратной совместимости и всеядности разными дистрибутивами оборачивается потенциальным распуханием, падением секурности и перекладыванием работы с одних плеч на другие.

Хорошо это или плохо, сложно сказать?! Это скорее смена одной анальной пробки на другую.
Лучшим решением [не самым лучшим, но лучшим в сравнении с предыдущими] было бы развивать какой-нибудь репозиторий nix всем миром, с тщательной проверкой работоспособности пакетов и актуальной секурности зависимостей. Но кому оно надо? Трём с половиной энтузиастам?

Кровавый интерпрайз всё давно решил, дом уже начал гореть, просто не все ещё это понимают играя в свои детские игры в другой части здания.